Ошибка может появляться по разным причинам. В моем случае это стало происходить на Windows 7 x86, после установки туда VipnetCSP.
Skype вываливался при любом запуске с ошибкой в библиотеке SSPICLI.DLL.
Решение такое:
1. Удалить и скрыть обновления Windows:
KB2973337, KB2973351, KB2871997
удалить проще всего можно так:
WUSA /UNINSTALL /KB:2973337
WUSA /UNINSTALL /KB:2973351
WUSA /UNINSTALL /KB:2871997
2. В реестре
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Lsa
в параметре Security Packages удаляем sspp и itcssp и прописываем schannel
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Infotecs\PatchEngine
в параметре Flags устанавливаем значение 0
После этого перезагружаемся и скайп должен заработать.