Давненько я нашел клевую утилиту исправления записи MBR на дисках от Windows 2000 до Windows 7. Фирма разработчик Systemintegrasjon AS почему-то уже не поддерживает свой сайт, а программа полезная.
При первом запуске выдает страницу помощи.
Порядок работы такой:
Вначале определяем какой из присоединенных дисков нам нужен.
MbrFix64 /drive 0 listpartitions
Затем
MbrFix /drive 0 fixmbr /yes
После этого MBR должен быть отремонтирован на диске 0.