При закрытии 1С не всегда происходит завершение терминальной сессии на 64-разрядной Windows Server 2008 R2. Виноват процесс SplWOW64.exe, который очень долго завершается.
Решение
Нужно заставить систему воспринимать SplWOW64.exe как процесс в терминальной сессии, который необходимо завершать при закрытии приложения:
regedit;
переходим в HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\SysProcs;
добавляем DWORD: splwow64.exe со значением 0.