При тестировании фискального регистратора (кассы) средствами драйвера АТОЛЛ - все работает как часы. 

При попытке тестирования кассы из 1С, в первую попытку выдается ошибка проверки, а в последующие - проверку проходит хорошо.

Смена скоростей работы порта (и в драйвере АТОЛЛ, и в настройке порта, и с настройке 1С) результатов не дает.

Увеличение задержки отзыва в настройках 1С до 900мс результата не дало.

Решение проблемы - локально сделать нового пользователя Windows, зайти и работать под ним. Это полностью решает ошибку "Драйвер ФР не загружен".